Le SIG SavGIS est composé de plusieurs modules destinés à construire et à administrer la base de données :

SAVATECA est le module d'administration et de gestion de la base de données. Il gère la configuration du système global et
l'ensemble de l'organisation de la base. Il permet de créer une base de données et d'intégrer des données graphiques et descriptives dans un système géoréférencé.

SAVAMER est le module de géoréférencement d'images. Il permet une mise en conformité géographique des images raster et leur intégration dans une relation de type image, en trois étapes : géoréférencement, ré-échantillonnage, intégration et mosaïque.Il permet également une mise en conformité géographique des documents vectoriels digitalisés sans références géographiques.

SAVEDIT est le module de digitalisation des documents graphiques. Il permet la saisie vectorielle sur écran à partir d'un fond scanné et géoréférencé ainsi que la saisie et la modification de la topologie. Il autorise l'importation de documents provenant d'autres logiciels. Il intègre une fonction de transformation de référentiel géographique.

SAVANE est le module d'exploitation et de cartographie. C'est le principal module du système. De nombreux traitements de données peuvent être effectués facilement, orientés vers l'analyse spatiale : sélections, croisements, mises en relation, regroupements ; masques et tampons graphiques ; jointures et agrégation de données géographiques d'origines diverses ; requêtes et calculs sur les attributs, classifications, calculs… et cartographie d'édition (représentations graphiques des résultats des requêtes).